X
تبلیغات
ژنتیک و اصلاح نژاد دام

در صورتی که قبل از سال 2000 تصور می شد از هر ژن در موجودات دیپلویید فقط دو نسخه وجود دارد که یک نسخه از پدر و نسخه دیگر از مادر به ارث می رسد اما کشفیات اخیر ثابت کرده اند که قطعات بزرگی از DNA که اندازه آنها از هزاران تا میلیونها باز DNA متغیر است می توانند از نظر تعداد کپی در ژنوم متغیر باشند (یک، دو، سه یا تعداد بیشتر کپی از یک ژن). که به اینها CNV یا Copy Number Variationمی گویند.  CNV ها منجر به این می­شوند یک سلول دارای تعداد غیر معمولی از یک یا قسمت های از DNA شود بنابراین دوز ژن ها در داخل سلول­ها تغییر می کند. این قطعات DNA حدود 1Kb یا بزرگتر هستند و دارای تعداد متغیری کپی در مقایسه با بقیه ژنوم هستند. CNV ها در بیشتر از 1% جمعیت رخ می دهند و با بیماری های خاص در انسان مرتبط هستند. چون CNV ها اغلب ژن ها را تشکیل می دهند نقش مهمی را در بیماری های انسانی و صفات تولیدی دام ها بازی می کنند. مقایسه نسبت شدت سیگنال فلورسنت (fluorescent signal intensityratios) آلل­ها در هر SNP در سرتاسر ژنوم با استفاده از Illumina BeadChip platform یک روش برای شناسایی CNV ها می باشد(http://www.illumina. com).. ژن هایی که در سیستم ایمنی و توسعه و فعالیت مغز درگیرند تمایل بیشتری به CNV بودن دارند.

  Matukumalli et al. (2009) با استفاده از تراشه­های BovineSNP50، 79 CNV را در نژادهای مختلف گاو پیش بینی کردند و 10 تا از آنها به وسیله هیبریدازسیون تراشه های ژنوتایپینگ مقایسه ژنومی (CGH) تایید شدند. Fan et al. (2010) با استفاده از تراشه PorcineSNP60، 12 منطقه CNV را در خوک پیش بینی کردند که دو تا از اینها با SSC14 ارتباط داشتند. تا امروز، 2000 CNV در انسان شناسایی شده است.

منابع:

Bin Fan, Zhi-Qiang Du, Danielle M. Gorbach1 and Max F. Rothschild. 2010. Development and  Application of High-density SNP Arrays in Genomic Studies of Domestic Animals. Asian-Aust. J. Anim. Sci. 23(7):833-847

Daar AS, Scherer SW, Hegele RA. 2006. Implications for copy-number variation in the human genome: a time for questions. Nature Reviews Genetics, 7:414.

Feuk L, Carson AR, Scherer SW. 2006. Structural variation in the human genome. Nature Reviews Genetics7:85-97.

نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

-         مقایسه روش­های مختلف برآورد پارامترهای ژنتیکی و ارزیابی ژنتیکی طول عمر تولیدی گاوهای هلشتاین ایران. نویسنده: محمد دادپسند طارمسری. به راهنمایی رضا میرایی آشتیانی و محمد مرادی شهربابک

-         تعیین فراوانی ژنی و ژنوتیپی پنج جایگاه ژنی مرتبط با تولید شیر در سه نژاد بومی هلشتاین ایران. نویسنده: سونیا زکی زاده. به راهنمایی رضا میرایی آشتیانی و قدرت­الله رحیمی

-         بررسی تنوع ژنتیکی باربوس ماهیان خوزستان با استفاده از ژنوم میتوکندریایی (mtDNA) به روش PCR-RFLP. جمال فیاضی. به راهنمایی محمد مرادی شهربابک و قدرت­الله رحیمی

-         تعیین مدل مناسب اصلاح نژاد گوسفند بختیاری در سیستم روستایی. محمود وطن خواه. به راهنمایی محمد مرادی شهربابک و اردشیر نجاتی جوارمی

-         بررسی رابطه بین چندشکلی پروتیئن های خون با صفات مهم اقتصادی لاشه، متابولیت های خون و برازش مدل های تابعیت برای صفات مختلف در گوسفندان نژاد ماکوئی. نویسنده خلت آبادی فراهانی. به راهنمایی محمد مرادی شهربابک و حسن مهربانی یگانه.

-         اثر پلی­مورفیسم ژن های کاندیدا بر ارزش اصلاحی صفات تولید شیر در گاوهای نر هلشتاین ایران. مصطفی صادقی. به راهنمایی محمد مرادی شهربابک و قدرت الله رحیمی میانجی

-         انتخاب واگرا برای صفات رشد و تولیدمثل در بلدرچین ژاپنی. آیت الهی مهرجردی. به راهنمایی اردشیر نجاتی جوارمی و محمد مرادی شهربابک

-         مطالعه تنوع ژنتیکی چهار ژن کاندیدا با استفاده از PCR-RFLP و HRM و ارتباط آنها با صفات تولیدی و تولیدمثلی در گاوهای هلشتاین ایران. علیرضا عبدالمحمدی. به راهنمایی محمدمرادی شهربابک و حسن مهربانی یگانه.

-         بررسی رابطه ژن BOLA-DRB3 با ورم پستان بالینی، امتیاز سلول­های بدنی شیر و میزان تکثیر سلول های تک هسته ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکس آرئوس. هادی آتشی. به راهنمایی محمدمرادی شهربابک و حسن مهربانی یگانه.

-         ارتباط چندشکلی ژن های کالپاستاتین، میوستاتین، لپتین و پتاسیم با صفات مهم اقتصادی، متابولیت­های خونی و صفات لاشه در گوسفندان ماکویی و زل. حسین مرادی شهربابک. به راهنمایی محمد مرادی شهربابک و حسن مهربانی یگانه

-         ردیابی ژن های عمده در حیوانات مزرعه ای با استفاده از روش های بیزی و نشانگرهای ژنتیکی. صادق علیجانی به راهنمایی حسن مهربانی یگانه و اردشیر نجاتی جوارمی

-         ارزیای استفاده از دوقلوزایی در اصلاح نژاد گاو شیری. نوید قوی حسین زاده. به راهنمایی اردشیر نجاتی جوارمی

-         شاخص انتخاب برای بهبود صفات رشد و ترکیب لاشه در گوسفندان لری بختیاری. محمد علی طالبی. به راهنمایی رضا میرائی آشتیانی

-         بررسی رابطه طول عمر تولیدی و روند ژنتیکی صفت تولید شیر و میزان سودآوردی در گله­های هلشتاین ایران. محمود هنرور. به راهنمایی اردشیر نجاتی جوارمی  رضا میرائی آشتیانی

برآورد ارزش اصلاحی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای متراکم ژنومی در جمعیت گاوهای شیری. مهدی ساعتچی. به راهنمایی رضا میرائی آشتیانی و اردشیر نجاتی جوارمی

نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

اولاً از بینندگان عزیز بابت تاخیر در به روز کردن وبلاگ عذر خواهی می کنم. همانطوری که در پست قبلی هم نوشتم "کارگاه آموزشی نرم­افزارهای ژنتیکی اصلاح نژاد دام" از تاریخ 18/12/89 الی 20/12/89 در پردیس کشاورزی و منابع طبیعی برگزار شد. اساتید و دانشجویانی از دانشگاههای مختلف کشور در این کارگاه شرکت کردند. بخواهیم از این اساتید و دانشجویان نام ببریم دکتر آتشی (هیئت علمی دانشگاه شیراز)، مرادی (هیئت علمی دانشگاه تهران)، صادقی (هیئت علمی دانشگاه تهران)، عبدالمحمدی (هیئت علمی دانشگاه رازی کرمانشاه)، ساحره جوزی(هیئت علمی دانشگاه آزاد ....) مهندس مختاری (هیئت علمی دانشگاه جیرفت)، مهندس جعفراوقلی (هیئت علمی دانشگاه پیام نور اردبیل)، مهندس شریفی (هیئت علمی دانشگاه اردبیل و دانشجوی دکتری گیلان) و دانشجویان دکتری صفدریان، بانه، غفوری و ... (دانشگاه مازندران)، دو دانشجوی ارشد از دانشگاه باهنر کرمان (اسمشون را نمی دونم)، مهندس درستکار از دانشگاه تبریز و عده­ای از دانشجویان دکتری دانشگاه تهران. مفید بودن یا نبودن این کارگاه را بایستی از شرکت کنندگان در این کارگاه و مسولین برگزار کننده پرسید من نمی تونم در این باره نظر بدم چون خودم از مدرسین این کارگاه بودم. اما فقط می تونم این را بگویم که دکتر وطن خواه با بیانی بسیار شیوا و به خوبی توانست شرکت کنندگان را با مدلهای مختلف تک صفتی و چند صفتی و همراه با آنالیز زنده­مانی آشنا کند. همین طور دکتر رزم کبیر آنالیز مدل های مختلف تک و چندصفتی همراه با آنالیز رگرسیون تصادفی را ارائه کرد که بیشتر کار ایشان روی تابعیت تصادفی با توابع برازش مختلف بود. آقای زندی نحوه کار با نرم­افزار ASReml را در بعد از ظهر روز آخر ارائه داد. بنده هم روز اول تئوری روش­های بیزین و فراوانی­گرا را همراه با کار با نرم افزار Thrgibbs و BLUPf90 ارائه دادم. اکثریت شرکت کنندگان از کوتاه بودن زمان برگزاری این کارگاه گلایه داشتند عده­ای هم می­گفتند برای شرکت در این کارگاه­ها بایستی در باره نرم­افزارها اطلاع مقدماتی داشت که قطعاً همین طور است چون برخی از شرکت کنندگان در روز اول برای اجرا کردن نرم افزارها در محیط DOS واقعاً مشکل داشتند که برای من غیر منتظره بود.

ای کاش میتونستیم عکسی از این کارگاه را با هم می­گرفتیم و اینجا میگذاشتم. اما متاسفانه بعد از ظهر روز سوم شرکت کنندگان برای اینکه سر موقع به پایانه های مسافربری برسند کلاس را ترک کردند که اینکار باعث شد نتوانیم با هم عکس دسته جمعی بگیریم. البته این کارگاه برای من علاوه بر یک کارگاه، یک دیداری با اساتید، دوستان قدیم و پیدا کردن دوستان جدید هم بود که واقعاً برای من فراموش نشدنی است. در کل در کارگاه جو بسیار صمیمی حاکم بود. امیدوارم که بعد از این هم انجمن علوم دامی ایران به منظور افزایش سطح علمی کشور، اینچنین کارگاهایی را با قیمت مناسب و زمان مناسب برگزار کند. من از برگزارکنندگان این کارگاه ها استدعا دارم جنبه مادی این کارگاه ها را چندان در نظر نگیرند بلکه اهداف علمی آن مد نظرشان باشد تا اینکه دانشجویان و علاقه مندانی که توان مالی چندان مناسبی ندارند بتوانند در این کارگاه ها شرکت کنند.

نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |