ارزیابی کیفیت افراد براساس مقاله

اگرچه زمان نوشتن این مقاله برای جامع علمی کشور ما اندکی زود است زیرا که هنوز هم هجوم به سمت ژورنال های با کیفیت پایین و بدون اعتبار در کشورمان زیاد است و از طرفی به تعداد ژورنال­های که در لیست سیاه یا بدون اعتبار ها (Black list) قرار می گیرند نیز روز به روز افزوده می شود. پس بنده گرچه تشویق می کنم که سعی کنید در ژورنال های با کیفیت بالا چاپ کنید اما از کسانی که افراد را بر اساس تعداد مقالات و مقاله ارزیابی می کنند خواهش می کنم ادامه مطلب را مطالعه کنند.

  اخیراً  در ژورنال ژنتیک مقاله ای را خواندم که برایم بسیار جالب بود و ترجیح دادم مختصری از این مقاله که تسط سردبیر مجله نوشته شده است را بنویسم (Johnston 2013). با وجودی که در کشور ما هنوز ارزیابی مقالات بر اساس ایمپکت فاکتور (تعداد ارجاع به مقاله تقسیم بر تعداد مقاله چاپ شده در طول یک دوره دوساله) ژورنالی که مقاله در آن منتشر شده است نهادینه نشده است و لذا ممکن است این مطلب بیشتر از آن که باعث شود نویسندگان ما مقالات خود را به ژورنال های با کیفیت بفرستند به ژورنال های با کیفیت پایین بفرستند و سپس با استناد به این مطلب کار خود را توجیه کنند اما امیدوارم این مقاله باعث شود تا در ارزیابی افراد، به کیفیت فردی مقاله نه ژورنالی که مقاله در آن منتشر شده است، توجه بیشتری شود.

عنوان مقاله­ ای که خدمتتان عرض کردم "We have met the enemy, and it is us" به ترجمه فارسی "ما با دشمن ملاقات داشتیم و دشمن خودمان هستیم" می باشد. به طور کلی این مقاله از این صحبت می کند که خیلی از نویسندگان از ارزیابی مقالات براساس ایمپکت فاکتور ژورنالی که در آن منتشر شده است، ناراضی هستند چرا که گه گاهی شما مقاله بسیار خوبی را پیدا میکنی که در ژورنالی با ایمپکت پایین چاپ شده است مثل این مقاله (Fan et al. 2010) و همین طور عکس این حالت هم امکان دارد، رخ بدهد. نویسنده می گوید گلایه ما به دلایل خوبی هست زیرا که ما بهره وری فردی دانشمندان را داریم براساس معیاری انجام می دهیم که کتابخانه داران برای ارزیابی ارزش ژورنال انجام می­دهند. ایمپکت فاکتور ژورنال هیچ چیزی در باره کیفیت فردی مقاله ­ای که در آن ژورنال منتشر شده نمی­گوید. چرا که یک مقاله با کیفیت خوب و با ارجاعات بسیار زیاد در طول دوسال باعث ارتقاع چشم­گیر ایمپکت فاکتور یک ژورنال می­ شود مثل این مقاله (Annals of Library and Information Studies Vol. 58, March 2011, pp. 87) و حال سوال این است که این مقاله داغ (hot paper) چطور میتواند مقاله چاپ شده دیگری در همان ژورنال که هیچ ارجاعی به آن نشده باشد را تحت تاثیر قرار دهد؟

برای دنبال کردن مقاله به ادامه مطلب رجوع کنید

ادامه نوشته

سویینگ PCR یا Splicing By Overlep Extension

اگر به خاطر بیاورید در یکی از پست قبلی راجع به تمایل کدونی (codon bias or codon usage) و نحوه ارتباط آن با کلونینگ ژن و انتقال ژن صحبت کردیم. اشاره کردیم چنانچه بخواهیم از این ژن کلون شده برای انتقال ژن به یک موجود دیگر استفاده کنیم، زمانی ما بیشترین سطح بیان این ژن را در آن موجود خواهیم داشت که از بین کدون­های مترادف خاص یک اسیدآمینه، آنهایی را انتخاب کنیم که با فراوانی بیشتری توسط آن موجود استفاده می­شوند، و پس از وارد کردن در حامل­های بیانی مناسب ،آن ژن را کلون کنیم. حال سوالی که مطرح می­شود این است که چگونه این کدون­های بهینه را انتخاب کنیم؟ یکی از روش­هایی که برای انتخاب کدون­های بهینه وجود دارد، سنتز آن ژن به صورت مصنوعی است، به طوریکه در زمان ساخت آن، از این کدون­ها متناسب با فراوانی مصرف آن در یک موجود خاص (براساس شاخص CAI) استفاده کنیم. در این مورد با مشکلی که مواجه می­شویم، هزینه لازم برای سنتز آن است، به خصوص در سال­های اخیر که هزینه­های لازم برای انجام کارهای ملکولی سرسام آور است. طبق آخرین آماری که از سنتز مصنوعی ژن دارم، به ازای هر جفت باز، هزینه آن یک دلار است، به عنوان مثال اگر طول ژن 1000 جفت باز باشد، تقریبا معادل 3300000 تومان ناقابل (با دلار معادل 3300 تومان) باید متقبل شویم. بنابراین در نگاه اول و احتمالا از دیدگاه بسیاری از دانشجویان کشورمان دو راه بیشتر نداریم یا اینکه از انجام چنین موضوعاتی صرفه­نظر کنیم و دنبال موضوع دیگری بگردیم و دیگر اینکه هزینه آن را متقبل شده و سنتز مصنوعی آن را انجام دهیم.

  در این پست قصد داریم روش دیگری تحت عنوان (SOEING PCR) Splicing By Overlep Extension، معرفی کنیم، به گونه­ای که برای ساخت این ژن در زمان جایگزینی کدون­های مترادف به جای یکدیگر از یک طرف در توالی پروتئینی آن ژن تغییری ایجاد نشود و از طرف دیگر از بین کدون­های مترادف، ارجح­ترین آن­ها را انتخاب کنیم. در این روش در ابتدا ژن مورد نظر با طراحی پرایمر اختصاصی آن ژن از موجود دیگر (موجودی که حاوی این ژن است) جدا می­شود، در این مورد پرایمرها به گونه­ای طراحی می­شوند که فقط ژن مورد نظر تکثیر شود. در مرحله بعد، پس از تعیین توالی قطعه تکثیر شده، تک تک کدون­های آن مورد ارزیابی قرارگرفته و از لحاظ دیدگاه تمایل کدونی مورد بررسی قرار می­گیرد. به طوری­که باید کدون­هایی که تمایل کمتری به مصرف آن در موجود گیرنده است، حذف شده و کدون­هایی که بیشترین مصرف را دارند اضافه شود، به گونه­ای که با این جابجایی، ترتیب و ساختار پروتئینی آن تغییر نکند. Soeing یک روش تغییر در توالی DNA در آزمایشگاه می باشد که جهت ایجاد جهش­های حذف و یا اضافه و جهش­های نقطه­ای در یک توالی DNA قابل استفاده است (Horton et al,1989). مبنای این روش جهت حذف بخشی از توالی ژن مورد نظر، تکثیر ابتدایی دو قطعه DNA (در دو سمت محل جهش) می­باشد، به نحوی که دو جفت پرایمر (1و2 ، 3و4)، محل ایجاد جهش را در دو واکنش جدا از هم (1و2 در یک واکنش و 3و4 در واکنش دیگر) در بر می­گیرند، پرایمرهای 2 و3 (پرایمرهای داخلی) باید به نحوی طراحی شوند که دنباله '5 آن­ها حاوی توالی مکمل یکدیگر باشند. به طوری که قطعات به دست آمده در PCR اول حاوی یک قسمت مکمل در انتهای '5 باشند. سپس دو قطعه تکثیر شده خالص سازی شده تا پرایمرهای اولیه حذف و محصولات حاصل مجددا در PCR دوم مخلوط شوند، درPCR دوم، محصولات حاصل از PCR اول از ناحیه مشترک با یکدیگر متصل و توسط دو پرایمر نواحی انتهایی (1 و 4) تکثیر می­شوند.

برای مطالعه بیشتر به ادامه مطلب رجوع کنید.

ادامه نوشته