اصلاح نژاد، گذشته، حال و آینده

یکی از  دانشجویان پرتلاش کارشناسی ارشد آقای حمزه حق شناس مطالب سمینار ارشدشون باعنوان تاریخچه علم اصلاح نژاد در جهان و ایران با راهنمایی دکتر نجاتی را برای بنده ارسال کردند تا در اختیار شما قرار دهم. ایشان بعد از گردآوری و تدوین مطالب با مشورت هایی که با استاد راهنمای خود کرده بود تصمیم گرفت مطالب ارزشمندی که جمع آوری کرده بود را به طریقی به اطلاع جامعه اصلاح نژاد کشور برساند. خدا را شکر با توصیه استاد راهنمای خود، وبلاگ بنده را برای دستیابی شما به حاصل دسترنج خود انتخاب کردند. قطعا برای کسانی که به هر طریقی با اصلاح نژاد دام و ژنتیک کمی سرو کار دارند این مطالب جالب خواهند بود. لطفا چنانچه از مطالب این سمینار در هر جایی استفاده کردید به نام و آدرس تهیه کنندگان ارجاع دهید.

این سمینار مرور جامعی از علم اصلاح نژاد و تکامل آن را می دهد و تهیه کننده سمینار چکیده آن را به صورت زیر بیان کرده است:

انسانها همیشه از گذشته درس گرفته و بر اساس آن آینده خود را برنامه ریزي کرده اند. یک مثال ساده
پایان نامه ها و تزهاي دکتري است که در دانشگاه ها انجام می دهند، در اول نگاهی به گذشته و پایان نامه هاي انجام شده در آن زمینه می شود و بر اساس آن براي کار خود، نحوه انجام، انتظارات و ... تصمیم می گیرند. در واقع با استفاده از کارهاي گذشته، براي کارهاي آینده تصمیم می گیرند. بررسی و نگارش تاریخ هر علمی نیز
میتواند به چشم اندازها و دیدگاه هاي آینده آن علم کمک کند. در این نگارش کلیاتی از علم اصلاح نژاد دام،
تغییر و تحولات آن از گذشته تا حال و رویکردهاي آینده این علم، جمع آوري شده است. همانطور که می-
دانید اصلاح نژاد فرایندي است که در هر زمان و مکان متفاوت میباشد.

متن کامل سمینار را از طریق لینک زیر دانلود کنید:

اصلاح نژاد، گذشته، حال و آینده



از انتخاب فنوتیپی تا انتخاب ژنومیک (Genomic Selection)

فایل ارائه سخنرانی امروز بنده در مرکز ژنتیک و اصلاح نژاد دام کشور را از طریق لینک زیر میتوانید دانلود کنید. امیدورام که مورد استفاده شما قرار گیرد.

از انتخاب فنوتیپی تا انتخاب ژنومیک

اگر وقت ندارید به طور کامل اسلایدها را مطالعه کنید خلاصه ارائه در زیر آورده شده است:

اهمیت استفاده از فناوری‌های جدید برای تامین احتیاجات غذایی  بشر با سیر صعودی رشد جمعیت بر هیچ کس پوشیده نیست. در این زمینه اصلاح نژاد دام با کمک فناوری های روز دنیا و روش های آماری پیشرفته از دیرباز نقش بسزایی در تولید مواد ژنتیکی مطلوب جامعه و بازار داشته است. انتخاب ژنومی یکی از فناوری‌های جدید است که با ژنوتیپ کردن تعداد صدها تا هزاران نشانگر تک نوکلئوتیدی چندشکل (SNP) پراکنده در سرتاسر ژنوم ارزش اصلاحی ژنومی هر فرد محاسبه می‌شود. نتایج تحقیقات نشان داده‌اند در صنعت گاو شیری انتخاب ژنومی میزان صحت ارزیابی ارزش‌ ‌های اصلاحی را نسبت به میانگین والدین به اندازه 35 درصد برای صفات تولیدی و 25درصد برای صفات تیپ و سلامتی افزایش داده است. از طرفی انتخاب ژنومی فاصله نسل را به نصف کاهش داده و به علت توانایی در ارزیابی تعداد بیشتری دام، میزان پیشرفت ژنتیکی را به سرعت افزایش و 95درصد در هزینه های اصلاح نژادی صرفه جویی می‌کند. با این وجود برای استفاده عملی از انتخاب ژنومی در گونه های دیگر مانند گوسفند، بز، طیور، اسب و ... باید منتظر ماند تا نتایج تحقیقات در این زمینه گزارش شود. قبل از بکارگیری انتخاب ژنومی چندین معیار باید مد نظر قرار بگیرد اولاً شناسایی صفات مهم اقتصادی، تعیین اندازه بهینه جمعیت مرجع، انتخاب استراتژی های تعیین ژنوتیپ مقرون به صرفه، قابلیت کابرد در سطح مزرعه، و میزان هزینه و درآمد حاصل از پیشرفت ژنتیکی در نظر گرفته شوند.


نمودار یا گراف با مخاطب حرف می زنند در انتخاب آن ها دقت کنید

همانطوری که بیان حرف های مهم به یک سخنور خوب نیاز دارد، شیوه نمایش نتایج تحقیقات و گزارشات در نشریات، کتاب­ها و سخنرانی ­ها اهمیت بسزائی دارد. در حقیقت استفاده از نوع مناسب گراف یا هیستوگرام نه تنها می‌تواند به خواننده کمک کند که سریعتر و آسان‌تر نتایج را دریافت کند بلکه اطلاعاتی از میزان فهم نویسنده یا ارائه کننده از داده ها و نتایج تحقیق و همچنینی خلاقیت و سلیقه ارائه کننده را به مخاطب منتقل می‌کند.  با اینکه حدود یکسالی هست که از نمودارهای جعبه ای به وفور برای ارائه نتایج کارهای خود استفاده می‌کنم اما در این نسخه از مجله نیچر همزمان چندیدن مقاله را دیدم که به اهمیت استفاده از نموداری های جعبه ای برای نمایش نتایج آنالیز داده‌ها پرداخته بودند. من ترجیح می دهم به جای اینکه شخصاً در انتخاب نوع مناسب گراف، به ویژه نمودارهای جعبه‌ای شما را راهنمایی کنم، شما را به مقالات مناسب زیر که اخیراً در مجله نیچر منتشر شده اند ارجاع دهم.

Streit M, Gehlenborg N (2014) Points of View: Bar charts and box plots. Nat Meth 11:117-117. doi: 10.1038/nmeth.2807

 Krzywinski M, Altman N (2014) Points of Significance: Visualizing samples with box plots. Nat Meth 11:119-120. doi: 10.1038/nmeth.2813

Spitzer M, Wildenhain J, Rappsilber J, Tyers M (2014) BoxPlotR: a web tool for generation of box plots. Nat Meth 11:121-122. doi: 10.1038/nmeth.2811

 

استفاده از نمودارهای جعبه‌ای و ستونی در تحقیقات علمی بسیار متداول است. این نوع از گراف ها برای نمایش کمیت های مرتبط با چندین آیتم یا گروه استفاده می‌شوند. نمایش اطلاعات به صورت دقیق به انتخاب نمودار مناسب مطابق با ماهیت داده ها و کاری که در حال انجام است بستگی دارد. نمودارهای ستونی برای داده‌های شمارشی و نمودارهای جعبه‌ای برای نمایش خصوصیات مربط به توزیع داده ها مانند میانگین، نما، میانه، فاصله اطمینان و نمایش داده های پرت مناسب هستند.

 از انواع نمودارهای ستونی، Pie Charts، Stacked bar charts ، layered bar chart  و grouped bar chart را می توان نام برد.  وقتی با داده های مربط به نمونه گیری از جمعیتی خاص که داری خطاهای نمونه گیری و عدم قطعیت هستند، سروکار داریم معمولاً از نمودارهای جعبه‌ای استفاده می شود به خصوص هنگامی که واریانس هر گروه زیاد است. ممکن است بعضی از افراد ترجیح دهند که به نمودارهای ستونی در نرم افزارهایی مانند excel گراف خطا را اضاف کنند تا میزان عدم قطعیت را نشان دهند با این حال به دلیل اینکه محور عمودی گراف ها اکثر اوقات از صفر شروع می شود این نوع نمایش نتایج داده ها ممکن است غلط انداز باشد.

نکاتی که بنده هم گه گاهی در هنگام رسم نمودارهای جعبه‌ای و ستونی تاکنون چندان به آن توجهی نمی کردم این است که سعی کنید ترتیب ستون­های نمودارهای ستونی را براساس ارتفاع در کنار هم قرار دهید و نمودارهای جعبه‌ای را براساس میانه انها در کنار هم مرتب کنید تا درک آنها برای خواننده آسان‌تر باشد. در نمودارهای ستونی محور عمودی را از صفر شروع کنید مگر اینکه توجیهی دیگر داشته باشید.

نموداهای جعبه‌ای نه تنها فهم ما را از داده ها بیشتر می کنند امکان مقایسه گروها یا دستجات مختلف را فراهم می‌کنند و می توانند در اکثر اوقات به جای هیستوگرام ها استفاده شوند. در حالی که هیستوگرام ها به اندازه نمونه حداقل 30 فرد نیاز دارند تا بتوانند مفید واقع شوند اما نمودارهای جعبه‌ای به تنها 5 نمونه نیاز دارند.

بسته های نرم افزاری ggplot  و BoxPlotR نرم افزارهای تحت R و قدرتمندی بوده که می توانند در ترسیم نمودارهای جعبه ای استفاده شوند.

مطالعات پویش ژنومی (Genome Wide Association Studies)

هفته پیش در موسسه تحقیقات علوم دامی کشور به درخواست اعضای انجمن ژنتیک ایران شاخه جانوری، اینجانب و اقای محمدحسین بنابازی دو ارائه حدود 45 دقیقه ای مرتبط با مطالعات پویش ژنومی و انتخاب ژنومی داشتیم. فایل ارائه بنده در زیر ضمیمه شده است. بحش هایی از این فایل  با فایل هایی که قبلا در ارتباط با کارگاهاه های ژنومی پست شده بود همپوشانی دارد. اسلایدها را از لینک زیر می توانید دانلود کنید.

مطالعات پویش ژنومی (GWAS)

 در این ارائه تلاش شده کلیاتی از GWAS، یافته های GWAS، عیوب و آینده GWAS را پوشش دهم. انشالله که مورد استفاده شما قرار گیرد.